لقد عُرف عنه الكثير من الأخلاق الحسنة، فهو القائل: "عود نفسك الصبر على من خالفك من ذوي النصيحة"
وهو القائل:"إذا نابت أخاكَ إحدى النوائبِ من زوالِ نعمةٍ أو نزولِ بليةٍ، فاعلم أنكَ قد ابتليتَ معهُ: إما بالمؤاساةِ فتشاركهُ في البليةِ، وإما بالخذلانِ فتحتملُ العارَ" وهو كاتب كتاب كليلة ودمنة الذي يحتوي الكثير من الحكمة على لسان الحيوان، وله الكثير من الأقوال التي تدل على حسن خلقه، وسعة فكره، ودينه، ومع ذلك فقد كان لقصة موته بعض التناقض مع هذه الحقائق، ورغم أن هناك بعض الاختلافات التاريخية في سبب موته إلا أن قصة الموت واحدة.

إنّ الرأي الأرجح في سبب موته هو مشاكله السياسية والتي بدأت بسبب تدخله بالحكم العباسي الذي كان في بداية نشأته، حيث بعث برسالة إلى الخليفة أبو جعفر المنصور يعرض عليه فيها رأيه بأسلوب الحكم، ويخبره بفساد مناصب كبيرة في نظام الحكم كافة.
ولعل أبرز من كان يقصد بالفساد والي البصرة سفيان بن يزيد، والذي ذي كان على خلاف شديد مع ابن المقفع، حتى تبادلا الكثير من عبارات وكلمات وعبارات الشتم وقيل أن ابن المقفع سب أم يزيد مرة فقال له:"يا ابن المغتلمة" ويقصد بذلك المرأة الفاجرة.وهي كلمة زادت الغيظ والغضب في صدر سفيان، وقال رداً على كلامه: "سأقتلك قتلة لم يُقتل بها أحد قبل ولن يُقتل به أحد بعد"ولا ندري بحق أيهما كلفه حياته رسالته إلى المنصور أم كلمته بأم سفيان، أم ما اتهم به من الزندقة والارتداد عن دينه، لكن الشيء الأكيد أن سفيان زاد حقده عليه وبني هذا الحقد على دعم ومؤازرة من الخليفة نفسه مما شجع سفيان على قتل ابن المقفع منفذاً تهديده بقتلة شنيعة لم يرى مثلها قط، حيث قطع أجزاءه وهو حي وألقاه قطعة قطعة في النار أمام عينيه حتى مات من شدة التعذيب. ومن الروايات ما يقول أن ابن المقفع كان قوياً وصبر على التعذيب وقال لسفيان أثناء احتضاره:
إذا مــــات مثلي مـــات بموتــــه خـــــــلق كثير،وأنت تموت ليس يدري بموتك كبير ولا صغير
ومع أنّ حقيقة موته تبقى غامضة إلا أنّه لا بد من الإشارة بقول حق أنّ من يقرأ كتاباته ينتبه إلى أنّ قائل هذه الحكم لا يمكن له أن يكون زنديق أو طائش يسب ويلعن دون فكر، والله أعلم بالحقيقة.